在长期的办学实践中，东南大学加大教育教学改革力度，努力推进素质教育，着力培养学生的创新精神和实践能力。1996年通过“本科教学优秀学校评价”，是全国首批获此殊荣的3所高校之一。2003年成为国家集成电路人才培养基地之一。2004年有９门课程入选国家精品课程，名列全国高校第四，目前，全校共有10门课程入选国家精品课程。现学校共有40多个院、系，全日制在校生26000多人，其中研究生9000多人。另有非学历教育研究生近3000人。2002年被批准试办示范性软件学院。2003年经教育部批准与社会力量共同投资兴办了东南大学成贤学院。2004年，成立吴健雄学院。该学院依托学校的重点学科，汇集学校一流教师，享用学校一流资源，采用分级导师制，是东南大学精英教育的“人才培养特区”。

东南大学校园环境优美，历史文化底蕴深厚。建成于1930年的大礼堂，已成为学校的标志性建筑，是进行国际学术交流、举办各种会议和大型活动的理想场所。当年吴健雄就读的“健雄院”和新落成的吴健雄纪念馆交相辉映，不仅展示了华人科学家在世界科学领域中的尊崇地位，还将激励一代又一代年轻学子发奋努力，勇攀世界科学高峰。耸立在四牌楼校区的六朝松，古劲苍笼，傲骨峥嵘。千百年来，人们围绕这棵古松，嗟叹兴咏，留下许多趣闻逸事，是海内外校友心目中母校的象征。它旁边的“梅庵”，是为了纪念东南大学最早的前身两江师范的督学、清朝大书法家李端清（字梅庵）先生而修建的，1922年,中国社会主义青年团在此成立。1923年落成的西方古典建筑风格的老图书馆，典雅端庄，比例匀称，构图秀丽，入口处爱奥尼柱廊及墙面装饰细部极为精美，是国内近代建筑的优秀作品。承载着东南大学德智体三育并举办学思想渊源的体育馆于1923年落成，该馆外形简洁明快，内部设施俱全，配套功能堪称当时国内高校之最，除了作为师生体育健身之外，学校的诸多重要活动亦常于此举行，英国哲学家罗素、美国教育家杜威、印度诗人泰戈尔等，均曾在此作过讲演。 

东南大学以“科教兴国”为己任。学校从国民经济和社会发展的需要出发，积极开展应用基础研究和重大战略高技术研究，已成为在国内外具有较大社会影响的高新技术研究和辐射的重要基地。2005年东南大学科研经费达到5.5亿元，位居全国高校前列。申请的专利数连续多年在全国高校中保持领先。在2003年国家大学科技园的评估中，东南大学国家大学科技园名列全国第八。